Οι καιρικές συνθήκες στην κορυφή του Σκίνακα είναι πολύ ευνοϊκές για αστρονομικές παρατηρήσεις. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι το υψόμετρό του είναι αρκετά μεγάλο (1750μ.) και ότι βρίσκεται στη βόρεια πλευρά του νησιού της Κρήτης, μόλις 22 χιλιόμετρα από την ακτή. Όπως φαίνεται στη δορυφορική φωτογραφία στα δεξιά, που δείχνει το νησί της Κρήτης αλλά και την Αφρική με κίτρινο χρώμα προς στο πάνω μέρος της φωτογραφίας, μια που οι άνεμοι έχουν διεύθυνση συνήθως από το βορρά και η πλησιέστερη μάζα γης προς τα βόρεια είναι το νησί της Σαντορίνης, περίπου 140 χιλιόμετρα μακριά, η ροή του αέρα που φτάνει στην κορυφή του Σκίνακα είναι στρωτή. Μόνο όταν υπάρχει ισχυρός νότιος άνεμος, γνωστός και ως λίβας (που θα έρχεται από το πάνω μέρος της φωτογραφίας), ο οποίος μάλιστα μερικές φορές περιέχει και σκόνη από την έρημο της Σαχάρας, υπάρχει αναταραχή στην ατμόσφαιρα πάνω από τα τηλεσκόπια.

Πιο συγκεκριμένα, χρησιμοποιώντας ένα διαφορικό καταγραφέα κίνησης (Differential Image Motion Monitor – DIMM), ο οποίος είναι μια συσκευή μέτρησης της στίλβης των αστεριών, αποδείχθηκε ότι οι καιρικές συνθήκες στην κορυφή του Σκίνακα είναι πράγματι εξαιρετικές, πιθανώς μεταξύ των καλύτερων στην Ευρώπη για αστρονομία. Οι παρατηρήσεις της στίλβης πραγματοποιήθηκαν για 43 συνεχόμενες νύχτες κατά τους μήνες Μάιο και Ιούνιο και οι μετρήσεις έδειξαν ότι η μέση διακριτική ικανότητα στο Σκίνακα είναι 0.7 arcsec. Μεταγενέστερες σποραδικές μετρήσεις κατά τη διάρκεια 25 νυχτών το 2014 και το 2015 επιβεβαιώνουν ότι οι συνθήκες δεν έχουν μεταβληθεί. Ανάλυση αυτών δίνεται εδώ.

Η φωτεινότητα του νυχτερινού ουρανού στα φίλτρα B,V, R στο Σκίνακα (βάσει παρατηρήσεων που πραγματοποιήθηκαν από τον Ιούνιο έως τον Οκτώβριο του 2016) υποδεικνύει ότι η περιοχή είναι αρκετά σκοτεινή, με εξαίρεση την κατεύθυνση προς την πόλη του Ηρακλείου (βορειοανατολικά). Η φωτεινότητα του νυχτερινού ουρανού προς το ζενίθ βρέθηκε να είναι Bz = 22,80 ± 0,10, Vz = 21,92 ± 0,09, Rz = 21,39 ± 0,07 mag/arcsec². Όταν εφαρμόστηκε η ζενίθια διόρθωση στα μεγέθη του ουρανού, οι μέσες τιμές της φωτεινότητας της επιφάνειας του νυχτερινού ουρανού (χρησιμοποιώντας όλες τις μετρήσεις του ουρανού) ήταν <B> = 22,35 ± 0,03, <V> = 21,50 ± 0,02, <R> = 20,98 ± 0,04 mag/arcsec².  Σύγκριση των τιμών αυτών με μία αντίστοιχη μελέτη που είχε γίνει το 2008 δεν έδειξε σταστιστικά σημαντική διαφορά. Για περισσότερες λεπτομέρειες, δείτε εδώ. Επιπλέον στο ακόλουθο αρχείο μπορείτε να βρείτε το φάσμα του νυχτερινού ουρανού στο Σκίνακα, μαζί με μια εκτίμηση της συμβολής των γνωστών φασματικών γραμμών φωτορύπανσης στη φωτεινότητα του ουρανού.

Το Αστεροσκοπείο είναι ανοιχτό 6 με 7 μήνες κάθε χρόνο, μεταξύ Μαΐου και Δεκεμβρίου. Με βάση την ανάλυση των μετεωρολογικών δεδομένων του τηλεσκοπίου 1.3μ καθώς και των σημειώσεων των παρατηρητών για μια περίοδο 10 ετών (2014 έως 2023), το Αστεροσκοπείο λειτούργησε για 1760 νύχτες, με 605 νύχτες να χάνονται λόγω κακών καιρικών συνθηκών. Παρακάτω παρουσιάζονται